(一) 专业水平高，课程难度大
电子商务专业是一门综合交叉学科，涉及到计算机、经济、管理、物流等相关专业，旨在培养全面发展的复合型、高级职业技术应用型人才，这是大学追求的目标。但即便是大学开设电子商务专业，如果不强调电子商务专业的特点，开设课程大而全，均包括上述专业课程，那么就很容易使电子商务专业失去其专业属性，迷失方向。另一方面，现在很多中职学校的电子商务专业开设课程参照大学或高职，开设计算机网络、程序设计、网页制作、经济学、物流管理等，这些课程既缺少兴趣，又缺少能力，而且他们毕业之后也很难在这方面就业。
(二) 硬件条件差，实训机会少
目前很多中职学校虽有电子商务专业，却无电子商务专业实验室。中职电子商务教育以教师说学生听为主，而电子商务专业与社会经济发展联系非常紧密，要求学生具有动手实践能力，电子商务实验室可以在有限的条件下锻炼学生的动手能力。尽管这两年很多中职学校都意识到这个问题，并建设了电子商务实验室系统，供学生模拟电商经营过程，但是这些软件仍然脱离实际复杂多变的商业环境。另外，更多的中职学校没有着力安排学生到企业实习，或者第三年下企业实习岗位完全与电子商务专业无关，胡乱安排，使得不管什么专业均干一样事。
(三)基础水平低，爱玩不爱学
中职学校的生源为初中毕业生，多数学校的入学门槛非常低，或者根本没有门槛，也就是说无论学生的学习成绩怎样，纪律怎样，都可以上中职学校。而成绩优良或一般的初中生几乎都会去读高中，不会选择中职读书。所以中职生普遍存在课程基础较差，学习能力低，缺乏学习兴趣和动力，同时爱玩爱动。其次，中职学业为三年，学生实际在校学习时间仅有两年，第三年必须到企业顶岗实习，学生在校学习时间非常有限。而且这些学生绝大多数为未成年人且独立生活和学习能力差，需要相当长的时间来适应中职学校生活，接受与义务教育阶段完全不同的职业教育方式。